Diez años después de los hechos ocurridos en Días del futuro pasado, los caminos de Magneto (Michael Fassbender), Mística (Jennifer Lawrence) y Charles Xavier (James McAvoy) se han separado, pero volverán a unirse cuando Apocalipsis (Oscar Isaac) despierte. Este mutante que, desde los inicios de la civilización, fue venerado como un Dios, es el primer y más poderoso mutante del universo de los X-Men de Marvel.
Apocalipsis ha acumulado los poderes de muchos otros mutantes, convirtiéndose en inmortal e invencible. Tras despertar después de miles de años, está profundamente desilusionado con el mundo que se encuentra. Es entonces cuando recluta un equipo de poderosos mutantes, incluido Magento, para eliminar a la humanidad y crear un nuevo orden mundial en el que él reinará.
Mientras el destino de La Tierra es incierto, Raven, también conocida como Mística, y el Profesor X lideran a un grupo de jóvenes X-Men para detener a Apocalipsis y salvar a los humanos. Su objetivo será intentar detener a su mayor enemigo hasta la fecha y evitar así la destrucción total de la humanidad.