Un nuevo ‘statu quo’ provoca la ruptura de los Vengadores. Debido a los daños colaterales del trabajo de este grupo de superhéroes en anteriores misiones, la presión política busca depurar responsabilidades, y se instauran los Acuerdos de Sokovia. Es entonces cuando el gobierno de los Estados Unidos decide que los héroes necesitan ser supervisados y controlados. Se crea así un sistema de registro para controlar a los superhumanos, y que su trabajo esté subordinado a las órdenes del gobierno. Un cuerpo gubernamental será el organismo rector que determine cuándo solicitar los servicios de este equipo de superhéroes.
Las posiciones en torno a esta nueva ley generarán un conflicto interno entre los propios superhéroes, y los Vengadores se dividirán creando dos bandos: uno liderado por el Capitán América (Chris Evans) y otro dirigido por Iron Man (Robert Downey Jr.). Mientras que Steve Rogers desea que los superhéroes sigan siendo libres para defender a la humanidad sin la intromisión del Gobierno, Tony Stark, arrepentido de haber creado a Ultron, decide apoyar la decisión de la clase dirigente. Se desata así un agresivo enfrentamiento entre el Centinela de la Libertad y Iron Man.
Pero, mientras se produce esta guerra civil en el seno de los Vengadores donde cada uno de ellos debe elegir su bando, aparece la amenaza de un enemigo en las sombras. A pesar de las discordias, y ante el peligro de un nuevo y malvado villano, el equipo de superhéroes tendrá que ponerse en marcha para salvar el mundo.